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   Las comunidades acuáticas son las más interesantes, prueba de la buena calidad del agua; en ellas habitan unas 21 especies de peces, entre las que destacan el "samaruc" (Valencia hispanica), el "cabotet" (Pomatoschistus microps) y "la colmilleja" (Cobitis maroccana), son abundantes las especies piscícolas como la anguila, las lisas, la carpa y el black-bass (esta especie fue introducida).
   De la multitud de invertebrados que pueblan sus aguas resaltan la gamba de río (Palaeomonetes zariqueyi y Dugastella valentina) así como las almejas de río (Anodonta cygnea y Va unir mancus).
   El reptil más característico es el galápago europeo (Emys orbicularis), que junto con la otra gambeta (Athyephyra desmaresti) y el blauedo (Alcedo atthis), habitan los ecosistemas acuáticos de la restinga, en vías de desaparición.
   Las aves de zonas húmedas son el otro grupo faunístico más representativo de la Marjal. Son nidificantes: el agró roig (Ardea purpúria), el gomedo (Ixobrychus minutus), el cabussonedo pequeño (Tachybaptus ruficollis), "la cigueñuela" (himantopus himantopus), "el fumar" o "el cariblanco" (Chlidonias híbrida), el boscaler común (Locustella luscinioides), la chicharra común (Acrocephalus scirpaceus), la chicharra tordal (Acrocephalus arundinaceus), la rosseta (Marmaroneta angustirostris), y numerosas fúlicas, pollas de agua (Gallinula chloropus) y ánades reales (Anas platyrhynchos).
 

 
   Entre las aves migratorias destacan las limnícolas, la (garceta) "garcilla" cangrejera (Ardeola rallaoides), el martinedo (nycticorax nycticorax), el agró azul (Ardea cinerea), la garzeta común (Egretta garzetta), distintas especies de ocas y numerosos paseriformes del carrizal y campos abiertos.
   Por los campos de arroz se pueden observar ranas (Granota perezii), colobres de agua (Natrix maura), ratas de agua (Arvicola sapidus), numerosos invertebrados y muchas aves que encuentran en dicho ecosistema una fondo alimentario asegurado. El marjal cobra una gran importancia durante la época de migración tanto primaveral como otoñal, ya que queda en la ruta de gran parte de las aves de Europa occidental que van hacia África.